在医药行业反腐升级的背景下，各地税务机关也加强了对医疗行业的税务稽查的力度，对增值税、城市建设税、个人所得税、企业所得税等各个税种所涉及的业务都进行了检查。主要有如下几个方面：

在检查增值税发票的开具是否存在虚开发票的情况时，发现有医疗公司以支付手续费的方式让他人为自己虚开发票给下游医院等单位或是以自然人的名义对外开票，以达到不申报收入，少缴纳增值税、企业所得税的目的；在检查中还发现了有公司外购礼品对外赠送未视同销售，据此追征了企业的增值税及城建税、企业所得税、应代扣代缴的个人所得税；同时，税局还利用其他平台数据与企业申报数据核对等手段，发现医疗公司少申报收入，导致少交增值税、城建税、企业所得税等违法事实；另外，在检查医药公司的财务账簿时，也发现部分医药企业的财务核算无法查账，或没有按照规定建立账簿，据此做出核定征收的处理决定。

这些医疗行业公司的违规违法行为给国家税收造成了极其不利的影响。目前，税务机关正利用税收大数据，提取发票、银行流水等数据同企业所申报的数据进行比对，结合企业经营情况，实现精准打击。无论是反腐高压下国家加大了对医药领域反腐 败问题的集中整治，亦或是金税四期下税收大数据的精准发力，都在警醒着整个医疗行业，应对各自公司的税务合规予以高度重视，杜绝一切侥幸心理，自觉避免任何税务违法行为的发生。

那么，在“两票制”的背景之下，医疗行业作为一个不断深化改革的行业，面临着哪些税务风险呢？

两票制是指药品从药厂卖到一级经销商开一次发票，经销商卖到医院再开一次发票，以"两票"替代目前常见的七票、八票，减少流通环节的层层盘剥，并且每个品种的一级经销商数量受到严格控制。

在“两票制”的背景下，多层级开票的乱象已较少发生。但随之而来的，则是许多药企以咨询费、会议费、营销费等名义大量、大额开具虚假发票入账，进而推高销售费用，进行利益输送。那么药企逃避缴纳税款有哪些形式呢？

1．有真实业务发生：医药企业向医院销售药品时向医院提供真实金额的发票，而自己却开具低于实际销售货物金额的发票以此逃避税收。

例如：被告人薄某某、王某某利用其挂靠的医药公司向医院销售药品时向医院提供发票的这个“空档”，混淆真假发票，将和实际销售药品品种、金额相符的虚假发票交给*甲县人民医院、*乙县人民医院，并开具低于实际销售药品金额的真实发票，以此来逃避税收。经查，被告人薄某某涉嫌虚开安徽省增值税普通发票174张，金额11898930.59元，税额2022762.89元，价税合计13921693.48元；被告人王某某涉嫌以界首市**医药有限责任公司名义虚开安徽省增值税普通发票56张，金额3606012.19元，税额613012.60元，价税合计4219024.79元。

2．无实际业务发生：医药公司（即受票方）通过购买增值税专用发票来认证抵扣税款。

一些不法分子利用亲戚等熟人的身份证件大量注册空壳公司，为获取手续费等不当利益，虚构业务交易，专门为医药企业虚开发票套取资金，虚开增值税专用发票罪中表现形式之一是让他人为自己虚开，医药企业作为受票方，也涉嫌虚开犯罪。

3．医药企业采购药材可自开自抵，农产品、中药材虚开发票新套路。

医药制造业中的中药饮片等都涉及到农产品的采购，而自产自销的中药材属于免征增值税范畴。由于增值税政策中对农产品抵扣的特殊规定，使税务机关对增值税进项税额核实较为困难。医药生产企业从农户直接采购药材，常见编造虚假农户信息，虚构中药材采购业务或虚增采购数量、金额，违法成本低，得以虚开农产品收购发票以抵扣增值税。

在“两票制”改革后，尽管多层级开票不复存在，但高开、虚开发票的行为却屡禁不止。与此同时，大量冠以“咨询管理服务”“医药科技咨询”“信息科技”等头衔的第三方服务公司出现。这类企业注册时间均在两票制出台前后，存续时间短，甚至还存在注销户或者已经进入清算的企业，且多为自然人股东注册私营有限责任公司，多为一般纳税人。由此可见，制药企业联合与其有着“亲密”关系的第三方服务公司，通过虚开增值税发票增加企业销售费用，以此抵消“高开”产生的额外税收负担，同时为回扣和商业贿赂等灰色支出提供出路，导致国家税款严重流失。而服务公司开具与实际经营活动不符的发票，已构成发票虚开行为，且与制药企业共同参与商业贿赂等不法行为，违反了我国税法及相关法律法规，严重破坏了医药行业的营商环境。